Cá sấu sông Nin có thể dài tới 5 m (16 ft), ít khi thấy chúng dài tới 5,5 m (18 ft). Cá sấu trưởng thành nặng khoảng 225 kg (500 lb), và có một số cá thể có thể nặng tới 700 kg (1.500 lb). Giống như các loài cá sấu khác, chúng là lưỡng hình theo giới, với con đực thông thường to hơn con cái khoảng 30%, mặc dù khác biệt này là nhỏ hơn so với các loài cá sấu khác, chẳng hạn cá sấu nước mặn.

Người ta cũng thông báo là có các cá thể dài tới 7 m (23 ft) và lớn hơn, nhưng điều này bị nghi ngờ do người ta thường hay thổi phồng các số liệu tổng thể. Người ta vẫn chưa biết tại sao một số cá sấu sông Nin to lớn hơn các cá sấu sông Nin khác, nhưng có lẽ là do chúng có môi trường sống thích hợp hơn. Vì thế cá sấu sông Nin ngày nay trong hoang dã khó có thể phá vỡ các kỷ lục: trước khi diễn ra các cuộc săn bắt trên quy mô lớn trong những năm thập niên 1940 và 1950, các quần thể lớn hơn sinh sống ở các môi trường đầm đất lầy có thể to lớn hơn bây giờ.

Có một số chứng cứ cho thấy cá sấu sông Nin ưa thích khí hậu mát mẻ. Các cá sấu sông Nin ở miền nam châu Phi nhỏ hơn, và chỉ dài khoảng 4 m (13 ft). Cá sấu sông Nin lùn cũng tồn tại ở Mali và sa mạc Sahara, chúng chỉ dài từ 2 – 3 m (6,5 – 10 ft). Chúng suy giảm kích thước có lẽ là do không có môi trường sống lý tưởng, chứ không phải do di truyền.